隨著現(xiàn)代傳統(tǒng)中藥的發(fā)展，中藥的提取技術有了新的發(fā)展。其中分子蒸餾技術由于其蒸餾溫度低、受熱時間短、分離程度高等優(yōu)點，能更好的保留原料里面的有效成分，并且增加收率純度，近幾年來在中藥有效成分提取領域受到廣泛關注。很多證明有效的中草藥成分提取就很適用采取短程分子蒸餾法。
比如類胡蘿卜素是一種食用色素，有很高的營養(yǎng)價值，并對抵抗某些疾病有一定的作用。用分子蒸餾法從甜橙香油中提取類胡蘿卜素，由于分子蒸餾法不使用溶劑，成本較低，并且雜質(zhì)含量低。同時用這種方法生產(chǎn)的類胡蘿卜素，色價高，類胡蘿卜素高，β-胡蘿卜素含量高。
揮發(fā)油是中藥提取物中很重要的一部分，其主要成分是醛、酮、醇類，且大部分為萜類，這些化合物沸點高，屬熱敏性物質(zhì)，使用分子蒸餾法，可避免因傳統(tǒng)蒸餾受熱時間長、溫度高使揮發(fā)成分破壞。大蒜的主要成分為揮發(fā)油，從大蒜中提取藥用有效成分，用以制備大蒜注射液，臨床用于治療細菌性痢疾、腦炎等。
外我國由于工業(yè)污染、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中大量使用化肥、污水灌溉以及為控制植物病蟲草害，不得不使用大量化學農(nóng)藥等原因，造成了中藥中重金屬含量和殘余農(nóng)藥含量超過了國外藥物管理標準，增大了我國藥物出口的難度。利用分子蒸餾技術可以有效解決中藥中的殘余農(nóng)藥和重金屬超標問題。
分子蒸餾技術應用于中藥有效成分的提取在我國已有一定的應用，目前也主要用于傳統(tǒng)中藥中揮發(fā)油類和油脂類等低級性物質(zhì)分離純化，有效促進我國傳統(tǒng)中藥制藥技術的發(fā)展。